수관관리에 있어 가장 중요한 부분은 바이오필름 제거에 있다. 치과용수는 우리가 마시는 음용수와는 그 기준이 다르다. 치과용 정수기에서 정수된 물은 일단 저장탱크로 주입된 후 다시 배관을 거쳐 유니트체어까지 도달하게 되는데, 이 배관의 길이가 약 6~10m 정도의 아주 긴 관으로 이루어져 있다. 유니트체어에서 핸드피스 관까지의 길이도 약 1.8m로 아주 가는 관을 거치게 된다.
그러므로 소독 및 세척 과정을 거치지 않으면 관내에 형성된 바이오필름과 세균이 환자의 구강 속으로 들어가게 된다는 점이다. 바이오필름은 임상적으로 보면 증류수를 사용하건, 정수기를 사용하건 발견되며 대부분의 화학적 살균제나 항생제의 역할을 무력화시키는 특징이 있기 때문에 수술 후 치료 예후에 중요한 영향을 미친다고 볼 수 있다.
그러면 이런 중요한 영향을 미치는 바이오필름은 무엇인가? 일반적으로 수관 내벽에 붙어 있으면 유기물질과 무기물질, 세균군락 등 결합체로 되어 있다. 이 바이오필름은 다양한 미생물이 자랄 수 있는 환경을 만들어 주기도 한다. 수관에서 바이오필름 형성은 피할 수 없는 현상이라고 볼 수 있다. 아무리 살균 처리된 멸균수를 사용하더라도 바이오필름이 있는 형성된 관을 통과하면 오염된 물로 바뀌기도 한다.
또한 배관에 정수된 물이 오래 머물 경우 재감염됨으로써 바이오필름이 형성될 수밖에 없다. 따라서 치과용수의 안전도를 높이기 위해서 주기적인 소독세척관리로 바이오필름을 제거함으로써 안전한 치과용수를 공급할 필요가 있다. 현재 나오고 있는 각종 치과용 정수 시스템은 바이오필름의 형성을 늦추기 위한 보조적인 역할을 한다고 볼 수 있다. 바이오필름을 주기적으로 제거하는 것이 무엇보다도 중요하다.
정수 시스템은 기본적으로 물을 정수하는 기기이므로 필터가 가장 중요하다. 필터는 중공사막방식의 UF방식과 역삼투압방식의 RO방식, 그리고 오존살균방식으로 구분된다. 이러한 치과용 정수 시스템을 설치했다고 해서, 세균 감염에 자유로운 것은 아니다. 정수 시스템은 바이오필름의 형성을 늦추는 보조적인 수단일 뿐이다. 이후에 어떻게 지속적으로 관리하느냐가 중요하다. 바이오필름은 영구적인 억제가 불가능하기 때문이다.
최근에는 다양한 사후관리 방안을 모색하는 업체들이 나오고 있다. 정기적인 소독제를 이용한 수관 소독 방안이 권장되고 있지만 최근 주기적인 물리적 타격을 가하여 바이오필름을 제거하면서 다양한 멸균수 제공 방법이 이루어지고 있다. 그러나 많은 사람들이 멸균수 등이 들어가면 절대 바이오필름이 없을 것으로 믿고 있는 경우가 있지만 학자들 사이에서도 멸균 처리된 물이라도 2~3주 정도 지나면 바이오필름 형성이 이루어진다고 보는 것이 공통된 견해다. 따라서 수관관리는 정기적인 사후관리를 어떻게 할 것인가가 더 중요할 것이다. 완벽한 수관관리가 어려운 상황에서 최근에는 인테리어 설치시 수관을 쉽게 교체할 수 있도록 설치하는 것도 중요한 고려사항이 되고 있다.