점막에 접촉하는 다양한 멸균 권장 치과장치로는 고속 핸드피스, 저속 핸드피스, 치면 세마 앵글, 초음파 스케일러와 팁, 공기 연마장치, 3-way 시린지 팁 등이 포함된다. 치료하는 동안 핸드피스나 다른 장치는 환자의 타액, 혈액 및 기타 구강 잔여물에 의한 수관 및 공기 오염과 연관되어 있다.

따라서 모든 핸드피스나 기타 구강 내에서 사용하는 장치는 치과 유닛으로부터 분리하여 매 환자 사용 시마다 열 멸균(오토클레이브)해야 한다. 핸드피스 멸균을 위한 과정으로는 통상적으로 열 멸균을 권장하고 있으며 핸드피스 제조사마다 다르지만 열 멸균에 있어서 과정으로 세척하고 윤활제를 바르고 닦아내는 과정을 거쳐야 한다. 일반적으로 멸균하는 절차는 다음과 같이 권장된다.

- 눈에 띄는 오염물을 제거하고 20~30초간 버가 위치한 곳에서 물 빼기
- 핸드피스에서 버 제거 및 세척, 건조함(완전히 담그는 것을 권장하지 않음)
- 핸드피스 세척제나 윤활제 적용(세척제 윤활제 복합 사용 가능)
- 공기/물 시스템에 부착하고 초과된 윤활제 배출
- 핸드피스 끝부분의 광섬유를 면봉으로 세척함
- 핸드피스와 기타 제품을 포장하여 열 멸균함
- 멸균 후 윤활이 필요하다면 핸드피스를 무균적으로 잘 다루어야 함

위에 언급된 핸드피스 멸균 방법이 일반적으로 권장되지만 시간이 상대적으로 길고 카트리지 손상이 일어나기 쉽다는 단점도 있다. 최근 핸드피스 멸균 방법의 새로운 형태로 대두되고 있는 고온 오일 멸균방식도 고려해 볼 필요가 있다. 이 방법은 짧은 시간 안에 멸균한다는 점과 카트리지 손상을 적게 한다는 점이 장점이지만 오일을 정기적으로 교체하지 않으면 냄새가 나는 등 상대적으로 관리를 주기적으로 잘해야 한다는 단점도 있다.

 
핸드피스는 원칙적으로 매 환자마다 새로운 핸드피스를 사용해야 한다. 그러나 현장의 많은 병의원 등에서는 이러한 원칙이 현실적으로 매우 어려운게 사실이다. 그렇다고 그대로 현실이 어렵다고 방관한다는 것도 문제가 된다. 지금까지 핸드피스 멸균에 있어 항상 감염관리 문제의 이슈가 되어 왔다. 향후 지속적으로 이 문제는 부각될 것으로 보인다. 따라서 치과계에서도 멸균된 핸드피스를 각 환자마다 새롭게 사용해야한다는 명제 아래 최선을 다하여 노력을 할 필요가 있다.